На следующий день после презентации преподаватель Самарского государственного социально-педагогического университета Григорий Циденков обвинил писательницу в плагиате. По его словам, «весь роман состоит из компиляции и пересказа с минимальными изменениями» его публикаций в «Живом журнале». Эти выводы историк сделал лишь на основе просмотра пресс-конференции. На своей странице в «Живом журнале» Циденков утверждает, что:
«...Стремясь, видимо, уйти от обвинений в плагиате, Яхина, как студент-первокурсник, меняет некоторые детали и добавляет воды в виде собственных вымыслов. Что приводит к абсурду: действие романа разворачивается в 1923 году. Это примерно как написать об эвакуации из блокадного Ленинграда в 1945 году. Эвакуировали голодающих в 1921-22 гг, в 1923-м всех уже начали возвращать. Совпадений и нелепостей огромное количество. Ссылки на источники Яхина приводит явно не ознакомившись с ними…»
В ответ на претензии Григория Циденкова, Гузель Яхина дала комментарий информационному агентству «РИА Новости». Писательница подчеркнула, что информация, взятая за основу романа «Эшелон на Самарканд», почерпнута из первоисточников, список которых приведен в конце книги, и нет ничего удивительного в том, что другие архивные документы, которые публикуют другие авторы, рассказывают о тех же событиях:«...Действительно, это было совершенно обычным делом – отправка эвакуационного эшелона или бедственное состояние детей в детских домах. Эти реалии тех лет, конечно же, черпаются из архивных документов, поэтому если другой автор публикует другие архивные документы на эту тему, они рассказывают об этих же событиях. Мы действительно, в общем-то, говорим об одном и том же…»